La Fundación Fondecor está liderada por un Consejo de Fundadores, el cual lo integran los 10 miembros principales de la Junta Directiva y el representante legal de FONDECOR.

Luego se encuentra la Junta Directiva, la cual la compone el presidente, vicepresidente, secretario y Rep. Legal de FONDECOR.

Como órgano de control cuenta con un equipo de revisoría fiscal principal y suplente.

Además de los empleados directos e indirectos que son liderados por la Dirección Ejecutiva.